● حتما قبل از قرار دادن تخم ها داخل دستگاه اجازه دهید دستگاه یک یا دو روز کار کند تا مطمئن شوید مشکلی وجود ندارد.
● در صورتی که تجربه کافی ندارید هرگز برای بار اول از تخم های گران قیمت استفاده نکنید. ابتدا با چند تخم ارزان شروع کنید.
● دستگاه را در محیط باز ، زیر نور خورشید و یا در معرض باد قرار ندهید.
● دمای اتاقی که دستگاه را داخل آن قرار می دهید بین 23 الی 27 درجه سانتیگراد باشد در غیر اینصورت کاهش محسوسی در راندمان دستگاه بوجود می آید.
● هنگام استفاده از وسایل سرمایشی و گرمایشی در زمستان و یا تابستان دقت کنید که دستگاه در معرض مستقیم سرما و گرما نباشد.
● فضاهای بسته و فاقد تهویه برای جوجه کشی مناسب نیست و باعت کاهش راندمان می شود .
● در زیر دستگاه منافذی جهت ورود هوای تازه به داخل تعبیه شده است.از قرار دادن دستگاه بر روی فرش و موکت و یا کف پوش هایی که باعث بسته شدن این منافذ می شود خودداری کنید.
● دقت نمایید که به هیچ وجه کانال تهویه روی در دستگاه بسته نشود.
● در زمان هچ ( سه روز آخر جوجه کشی) مخصوصا بعد از به دنیا آمدن یک یا چند جوجه اول به هیچ وجه در دستگاه را باز نکنید.
● از دستکاری سیستم های الکترونیکی دستگاه خودداری نمایید.
● بهترین میزان رطوبت نسبی محیط قرار گیری دستگاه 50 الی 55 درصد می باشد. توجه داشته باشید که در فرایند جوجه کشی سه موضوع دخالت دارد:
   1- دستگاه جوجه کشی
   2- تخم نطفه دار
   3- اپراتور دستگاه
استفاده از تخم های نطفه دار تازه و سالم و با تجربه بودن اپراتور نقش بسیار مهمی در کنار کیفیت دستگاه دارد.
● از تخم های کهنه برای جوجه کشی استفاده نکنید . حداکـثر زمان نگهداری تخم نطفه دار 7 روز می باشد که شرایط نگهداری آن هم باید کاملا رعایت شود.
● هرگز تخم های نطفه دار را در یخچال نگهداری نکنید . بهترین حالت نگهداری از تخم در دمای 18 درجه و رطوبت نسبی 55 درصد در جای تاریک می باشد.
● حداکثر میزان نوسان دما در اتاق مورد استفاده از ماشین جوجه کشی 4 درجه می باشد. در صورت نوسان دما بیش از این میزان ، به علت شوک وارد شده به تخم ها ، راندمان پایین می آید. همچنین به نوسان دمای روز و شب هم توجه نمایید.
● هنگامی که قصد دارید تخم های نطفه دار را به داخل دستگاه منتقل نمایید بهتر است آنها را چند ساعت در محیط گرمتری با دمای حدود 25 درجه قرار دهید تا شوک به نطفه وارد نشود.
● در هنگام چیدن تخم ها داخل دستگاه دقت کنید که نوک تیز آنها به سمت پایین باشد.
● از شستن تخم ها خودداری نمایید و فقط آنها را با یک برس یا مسواک خشک تمیز کنید.
● تخم های خیلی بزرگ یا خیلی کوچک و تخم های دارای شکل غیرطبیعی را برای جوجه کشی انتخاب نکنید.
● عملیات نطفه سنجی در روزهای هفتم و چهاردهم اجباری است و حتما تخم های بدون نطفه را از دستگاه خارج نمایید زیرا در اثر گازهای متصاعد شده از این تخم ها ، سایر نطفه ها آلوده می شوند.
● پیشنهاد می شود بعد از اتمام فرایند جوجه کشی تخم هایی که به جوجه تبدیل نشده اند را شکسته و علت عدم تبدیل آنها به جوجه مورد بررسی قرار گیرد. توجه داشته باشید که تخم هایی که بعد از طی 21 روز در داخل دستگاه جوجه کشی هنوز دارای زرده و سفیده هستند اصلا نطفه دار نبوده اند.
● دستگاه جوجه کشی توین کاکس قابلیت کار با باطری ماشین را دارد پس در هنگام قطعی برق سریعا دستگاه را به باطری وصل نمایید زیرا متوقف شدن فن و کاهش دما اثر مخربی بر نطفه ها خواهد داشت.
● هرگز برای تمیز کردن دستگاه از مواد شیمیایی استفاده نکنید.

فرآیند جوجه کشی به دو دوره ستر و هچ تقسیم می شود .
ستر به دورانی گفته می شود که تخم داخل چرخاننده قرار دارد و در این دوران جنین رشد کرده و در داخل تخم شکل می گیرد . دوران ستر در مورد تخم مرغ 18 روز می باشد. دمای مناسب در این دوران 37.7 و رطوبت مناسب 55-65 درصد می باشد.
هچ به دورانی گفته می شود که جنین داخل تخم کامل شده است و دیگر نیاز به چرخش ندارد . در این دوران تخم ها باید روی سبد هچ قرار داده شوند . این دوران برای تخم مرغ 3 روز می باشد .

برای تشخیص نطفه دار بودن تخم ها و همچنین اطمینان از رشد جنین عملیات نطفه سنجی در روزهای هفتم و چهاردهم با کمک نور انجام می شود که توجه به نکات زیر در حین نطفه سنجی بسیار مهم است:
1- نطفه سنجی باید در اتاق تاریک انجام شود.
2- نطفه سنجی باید در اتاق گرم انجام شود تا به جنین شوک وارد نشود.
3- دقت کنید که در حین نطفه سنجی تخم در معرض تکان ها ی شدید قرار نگیرد.
4- حتی الامکان نطفه سنجی را در کوتاهترین زمان ممکن انجام دهید.
5- تخم های شفاف و بدون نطفه را از دستگاه خارج کنید که باعث عفونت سایر تخم ها نشوند.

چنانچه نطفه سنجی را در روز هفتم انجام دهید باید رگه های سیاهی درون تخم مشاهده کنید که مربوط به رگ های خونی می باشد.
در روز چهاردهم باید دو سوم محیط داخل تخم تیره باشد.چنانچه کل محیط داخل تخم شفاف باشد به معنی است که تخم نطفه نداشته و جنین تشکیل نشده است.

عملیات هچ ( روز 18 ام):
-چرخاننده ها را از دستگاه خارج کنید .
- مقداری آب داخل مخزن بریزید تا در روزهای آینده نیازی به باز کردن در دستگاه نباشد.
- سبد هچ طبقه اول را روی مخزن آب قرار دهید و تخم ها را روی آن بچینید و سپس سبد هچ طبقه بالا را داخل دستگاه قرار داده و بقیه تخم ها را روی آن بچینید .
توجه داشته باشید که عملیات انتقال تخم ها در اتاق گرم صورت پذیرد تا به تخم ها شوک وارد نشود.
- در دستگاه را بسته ، مجددا دستگاه را روشن کنید و به هیچ وجه در سه روز آخر به جز در شرایط اضطراری در را باز نکنید.
- بهتر است یکبار در روز دوم هچ و یک بار در روز چهارم درب دستگاه را جهت خارج کردن جوجه ها باز کنید زیرا با هر بار باز کردن در دستگاه ممکن است تعدادی از جوجه ها داخل تخم خفه شوند.
- با خارج شدن جوجه ها از تخم رطوبت داخل دستگاه بالا می رود. در این شرایط پلاگ پلاستیکی روی شیشه را بردارید تا رطوبت اضافی خارج شود.
- عملیات خارج شدن جوجه ها از تخم ممکن است تا روز 25 ام ادامه داشته باشد .
- جوجه ها تا 48 ساعت داخل دستگاه بمانند تا خشک شوند. در این مدت جوجه ها از ذخیره زرده خود استفاده می کنند.