مشکلات بدنه:
1- تلفات حرارتی در بدنه فلزی و چوبی به دليل قابليت انتقال و رسانش گرما در چوب و فلز , اين عيب باعث ميشود که بيشتر توان المنتها صرف گرم شدن بدنه شود و از آنجايی که گرما در چوب و فلز برای مدتی ذخيره ميشود تعادل دمايی را درماشين جوجه کشی برهم می زند .

2- در بدنه فلزی رطوبت به خوبی بالا نمی رود زيرا دمای مولکول های بخارآب درهوای داخل ماشين جوجه کشی از دمای بدنه فلزی بيشتر است ودر اثر برخورد اين ملکولهای رطوبت با بدنه تبادل حرارتی (شارش از محيط گرم به محيط سرد)رخ داده که سبب پايين آمدن دمای بخارشده و باعث تقطير رطوبت موجود در داخل ماشين شده و اين رطوبت به صورت ذرات ريز آب بر روی بدنه ماشين نمايان ميشود که اصطلاحا بدنه ماشين عرق می کند. اين عيب باعث کاهش رطوبت شده ودر دوران هچ توليد جوجه های ضعيف وراندمان پايين را به دنبال دارد و از طرفی برای تامين رطوبت آب بيشتری مصرف ميشود.

3-در بدنه های چوبی و يا mdf مشکلات رطوبت وجود ندارد اما مشکل بسيار حادتر ايجاد آلودگی ويروسی در اثر نفوذ ويروس ها وباکتری ها به لايه چوبی يا کاغذی اين نوع بدنه ها می شود که اين عيب در دراز مدت نمايان شده و پس از مدتی راندمان ماشين جوجه کشی به شدت پايين می آيد

4-در ماشين های جوجه کشی کاکس با بدنه آکاستيو يا فايبر گلاس (PVC)هيچ کدام از مشکلات بالا وجود ندارد.

مشکلات سيستم چرخش:
1-در اکثر ماشين های جوجه کشی سرعت چرخش بالا می باشد و در هنگام روشن شدن موتور با تکان و ضربه همراه است. اين تکان و ضربه منجر به پاره شدن کيسه هوايی يا قطع شدن رشته های شارلاز داخل تخم شده وکاهش جوجه دراوری را به دنبال دارد.

سيستم چرخش ماشين های کاکس طبقاتی بوده و چرخش به قدری آرام است که ديده نمی شود .

2- در اکثر ماشين های جوجه کشی از سيستم لولايی برای اتصال راک ها به هم استفاده ميشود که اين نوع سيستمها بعد از مدتی دچار خوردگی شده و محل عبور پيچها گشاد شده و لرزشهای شديدی را ايجاد می کند که اين لرزش ها منجر به پاره شدن کيسه هوايی يا قطع شدن رشته های شارلاز داخل تخم شده وکاهش جوجه دراوری را به دنبال دارد.

در ماشين های کاکس تمام سيستم چرخش پلاستيکی می باشد .

نکته بسيار مهم ديگر امکان ترکيدن تخمهای ترک دار ويا پوسته نازک در اثر تکان ها و يا ضربه ها در اين نوع سيستم چرخش ها وجود دارد و در صورت ترکيدن تخمها آلودگی شديد در ماشين بوجود می آيد.

۳-چرخش اکثر ماشين ها به صورت يک بعدی می باشد.

4- چرخش در اکثر ماشين ها به صورت تايمر دوزمانه می باشد که استفاده از اين نوع تايمر باعث ميشودبعد از مدتی تايم چرخش بهم بخورد و راکها در زاويه های چرخش نامعينی باايستد و عدم نظم در زاويه چرخش با عث کاهش جوجه در آوری می شود.

سيستم چرخش در ماشين های کاکس با استفاده از گيربکس می باشد و هيچگونه تايمری استفاده نشده است.

5-اکثر سازندگان راکها را به صورتی می سازند که تخم ها دور شانه ها را به دليل برخورد با راک نمی توان داخل شانه ها قرار داد و اين مشکل باعث کاهش ظرفيت ماشين جوجه کشی می شود.

6-اکثر سازندگان راکها را با ورقه های آهن معمولی می سازند و بروی آنها رنگ نقره ای می پاشند تا گالوانيزه به نظر آيد.

مشکلات سيستم کنترلی:
در صورتی که در تنظيم دما از ترموستات های آنالوگ استفاده شود مخصوصا از نوع جيوهای يا مکانيکی يا انبساطی کار جوجه کشی با مشکلاتی همراه می شود زيرا در اثر افت ولتاژ اين نوع ترموستات ها نمی توانند دما را روی ميزان تنظيم شده کنترل کنندو اين اتفاق معمولا در سر شب و ساعات اوج مصرف رخ می دهد.

ترموستات ماشين های کاکس الکترونيکی با دقت 0.1 درجه سانتی گراد می باشد .

در صورتی که برای تنظيم دما از ترموستات های تمام ديجيتال(ميکروکنترلری) استفاده شود نمی توان به دقتی بالاتر از ۵/۰ درجه دست پيدا کرد و معمولا سازنده در هنگام نوشتن برنامه طوری برنامه را می نويسد که اين نوسانات بر روی نمايشگر مشاهده نشود.نوسانات ۵/۰ درجه حد بالای نوسانات در جوجه کشی هستند.

در اکثر سيستم ها وات اضافی هيتر گرفته نشده است.در صورت عدم رفع اين مشکل در زمان قطع ترموستات دما گا ها تا ۲ درجه بالا ميرود که اين عيب تاثير بسياری در کاهش کيفيت جوجه خروجی دارد.جوجه های با کيفيت پايين ضريب تبديل پايين دارد و نگهداری آنها اقتصادی نمی باشد.

ماشين های کاکس با حداقل توان مصرفی (شصت وات ) کار می کنند. وات اضافی به اندازه ای کاهش يافته است که المنت توان تخريب پلاستيک را هم ندارد.

مشکلات تهويه:
در اکثر ماشينهای جوجه کشی با افزايش تهويه در زمان هچر ميزان رطوبت کاهش می يابد ودر صورتی که تهويه به منظور بالا بردن رطوبت کاهش يابد تجمع و غلظت دی اکسيد کربن افزايش يافته وايجاد خفگی در ماشين می نماييد.

مشکلات شستشو و ضد عفونی دستگاه:
در اکثر ماشين های جوجه کشی به علت قرارداشتن تجهيزات برقی داخل ماشين امکان شستشو کامل ماشين وجود ندارد و يا به سختی انجام می شود.

ماشين های کاکس به صورت کامل، قابل شستشو می باشند .